До 2018 года она курировала продажу недвижимости, принадлежащей городу. Как выяснил ФБК, за это время семь старинных особняков были проданы по минимальной цене 60 тыс. руб. за кв. м — а приобретателями стали компании, подконтрольные семье госпожи Сергуниной. По информации ФБК, их бенефициаром является Лазарь Сафаниев — муж сестры Натальи Сергуниной. Впоследствии на месте большинства этих зданий появились гостиницы.
Также ФБК выяснил, что в собственности ближайших родственников — сестры, матери и отца — Натальи Сергуниной находятся несколько элитных квартир в Москве и пять дорогих иномарок. Кроме того, по информации фонда, мужу чиновницы принадлежит поместье в Австрии, а сестре — два ресторана на ВДНХ.
В декларации Натальи Сергуниной за 2018 год говорится, что она заработала 7,2 млн руб. Также ей принадлежат часть квартиры и участок.